En la última fecha pierde ante All Boys por 1:3, con un equipo lleno de juveniles y suplentes, y termina en la 4.° posición. En el Torneo Inicial, Boca culminó en sexta posición. En el segundo semestre de 2012, Boca ganó la Copa Argentina disputada en San Juan, frente a Racing Club por 2:1 con goles de Santiago Silva y Lucas Viatri. Boca terminó el año bajo otro interinato de Pompei finalizando en el 12.º lugar.